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IRD - Les atolls de Polynésie Française - Glossaire Catégorie: Environnement Date & Pays: 06/05/2015, Fr Mots: 97

activite heterotrophique totale
Elle représente la totalité des entrées dans le compartiment bactérien. Une partie servira à produire de la biomasse bactérienne, l'autre sera respirée ou excrétée. Elle est généralement exprimée en carbone, par unité de temps et de volume ou de surface. On peut l'estimer directement en suivant la consommation de carbone organique dissous dans une culture sans prédateurs. On peut l'estimer indirectement en estimant l'activité de respiration (respiration + production = activité hétérotrophe totale, en négligeant l'excrétion) en déterminant par exemple consommation d'O2 ou production de CO2.

activite exoproleolytique
Les molécules organiques de poids moléculaire élevé ne peuvent être incorporées directement par le bactérioplancton. Celui-ci utilise des exoenzymes (excrétées dans le milieu environnant) ou des ectoenzymes (restant liés à la surface cellulaire) pour les hydrolyser en monomères susceptibles d’être incorporés par la cellule. L’activité exoprotéolytique potentielle (AEP) est assez facilement estimée au moyen d’analogues oligomères fluorescents lorsqu’ils sont hydrolysés (Hoppe 1993). La discrimination entre ces oligomères artificiels et le substrat naturel, ainsi que la concentration en substrat naturel étant généralement inconnus, les estimations ne sont pas quantitatives mais représentent une activité potentielle.

aerobie
(milieu) En présence d'oxygène.

algue bleue -verte
Organisme photosynthétique appartenant aux cyanobactéries.

amensalisme
Type d'interaction où une espèce est limitée dans son développement sans que l’autre en soit affectée; voir tableau

anemochorie
mode de transport des graines et des spores par les vents

aphotique
(Zone) Zone où la lumière est absente: il n'y a donc pas de photosynthèse.

atoll
Ensemble récifal de haute mer, émergé à marée haute, sans roche volcanique affleurante, le plus souvent de forme annulaire avec un lagon central.

autotrophe
Organisme vivant capable de réaliser la synthèse de composés organiques à partir d' éléments minéraux prélevés dans le milieu et d'une source d'énergie extérieure.

bioaccumulation
Accumulation dans le temps d'une substance dans les tissus d'un organisme, qui ne peut pas être excrétée (métal, hydrocarbones chlorés).

bioturbation
Remaniement de sédiments par les mouvements et les modes de nutrition de la faune qui y vit.

boucle microbienne
Caractérise selon la terminologie employée par Legendre & Rassoulzadegan (1995) le système presque clos comprenant bactéries et protistes. La biomasse bactérienne produite est consommée par les protistes, dont en retour les produits d'excrétion sont consommés par les bactéries.

calcification
= BIOACCRÉTION. Processus où les ions calciums et carbonates sont combinés pour former des matériaux squelettiques calcaires (voir réaction chimique).

chondrichtyens
(poissons cartilagineux) Classe composée de 2 super ordres: les Squalomorphes (requins) et les Batoidés (raies).

commensalisme
État des animaux qui vivent à côté d'autres organismes en profitant de leurs aliments mais sans se nourrir de leur matière organique.

communauté
Les communautés sont des groupes de populations qui interagissent entre elles dans une région donnée, identifiables par des études écologiques.

compétition
Concurrence entre plusieurs organismes pour une même source de nourriture, en quantité insuffisante par rapport à la demande. On distingue la compétition intraspécifique, entre individus de la même espèce et la compétition interspécifique, entre individus appartenant à des espèces différentes, du même genre ou pas.

corallivore
Animal carnivore qui se nourrit essentiellement de coraux.

couronne récifale
Partie émergée ou affleurante à la périphérie d'un atoll.

cultures d'assemblages bacteriens naturels
Elles permettent de calibrer les mesures de production brute (synthèse d'ADN ou de protéines, fréquence des cellules en division) dans un assemblage bactérien en croissance nette, où la prédation est fortement réduite voire supprimée. On les utilise également pour évaluer la consommation de carbone organique dissous naturel par unité de biomasse bactérienne produite. Les cultures en mode batch ne sont pas renouvelées à l’opposé de celles effectuées en continu.

cyanobactérie
Classe d'organismes photosynthétiques apparue il y a 3.5 milliards d'années; certaines cyanobactéries sont capables de fixer l'azote moléculaire (N2).

cyclone
Ensemble de cellules de très basse pression constitué d'un oeil central (dont la pression peut être inférieure à 920hPa) entouré d'un système de vents circulaires, avec un très fort gradient de pression. Ce processus s'accompagne d'une modification du niveau de la mer, de hautes vagues (8-10 m, jusqu'à 14 m lorsqu'elles se brisent sur le rivage), de forts vents (32 m/s en moyenne, pointes à 83 m/s) et de fortes pluies. Le rayon des zones de vent maximum va de 24 à 50 km, la zone d'influence des cyclones tropicaux peut couvrir de 500 à 800 km. La direction des cyclones est imprévisible, ils peuvent se déplacer jusqu'à 15 m/s. Leur fréquence est variable et peut dépendre de phénomènes tel El Niño.

dgge
Denaturating Gradient Gel Electrophoresis. Procédé permettant de séparer les fragments d'ADN selon leurs propriétés migratrices dans un champs électrique

diversité
C'est le nombre d'espèces pour un type d'habitat donné et dans une région définie.

diatomées
Algue unicellulaire caractérisée par un squelette externe siliceux.



dinoflagellés
Les dinoflagellés sont des algues unicellulaires caractérisées par une grande variété de formes (le plus large Noctiluca peut atteindre un diamètre de 2 mm)

dystrophie
Fonctionnement anormal du milieu se traduisant par exemple par des efflorescences algales, toxiques ou non, conduisant à des mortalités massives.

endemicite
Caractère des espèces animales ou végétales qui ont une répartition géographique limitée.

endofaune
Organisme vivant dans le sédiment

endosymbiose
Cas particulier de symbiose où un partenaire (ex: zooxanthelles) vit inclus dans les cellules de l'autre (polype).

epipsammique
(espèce) Espèce qui vit sur le sable.

epifaune
Organisme vivant à la surface du sédiment

equilibre dynamique
L'équilibre dynamique caractérise les peuplements dont production et exportations sont équilibrées à une échelle de temps donnée. Il y a constance de la biomasse, de la production et donc du taux de croissance à cette échelle de temps.

eucaryote
Organisme (algues, animaux) à noyau individualisé (existence d'une enveloppe nucléaire).

euphotique
(Zone) La zonation verticale d'un océan est fondée sur la profondeur jusqu'à laquelle la lumière solaire peut pénétrer pour permettre la photosynthèseOn a pris l'habitude de retenir la valeur de 1% de la lumière régnant en surface pour définir la limite entre la zone suffisamment éclairée pour permettre la vie végétale, la zone euphotique (syn.: photique/phytal) dont la profondeur maximale est de l'ordre de 150 m et les zones où la vie végétale est peu favorisée voire inexistante, la zone disphotique et la zone aphotique.

eutrophique
(Zone) Fait référence à des régions où la concentration en nutriments est élevée ce qui engendre une productivité biologique importante.

eutrophisation
Enrichissement des eaux en substances nutritives (Azote, Phosphore..) qui aboutit généralement à des modifications du milieu telles que la production accrue d'algues, parfois toxiques, et d'autres plantes aquatiques; ce qui entraîne des nuisances pour tous les usagers de ces milieux.

feo
Constructions coralliennes fossiles témoins d'un ancien niveau marin plus élevé.

fixation azotée
C'est l'utilisation par les cyanobactéries de l'azote moléculaire dissous (gaz N2) grâce à l'enzyme Nitrogénase (le gène codant la nitrogénase est le gène Nif). L'azote fixé est utilisé dans la synthèse protéique.

halophile
Les plantes halophiles sont des espèces qui vivent sur les sols salés

hermaphrodite
(animal) Animal qui produit à la fois des gamètes mâles et femelles.

holoplancton
Il regroupe les organismes qui passent leur vie entière dans le plancton. Ce sont principalement les micro-algues, les animaux unicellulaires et certains Crustacés comme les copépodes, qui représentent à eux seuls 70 % de la totalité du zooplacton, mais aussi des Cténaires et des Tuniciers (ref. Alain Couté, Muséum).

hydrochorie
Mode de transport des graines et des spores par voie d'eau (courants marins notamment)

hypoxie
Diminution de l'apport ou de l'utilisation de l'oxygène au niveau des tissus.

irradiance
Énergie rayonnante émise par le Soleil dans toutes les longueurs d'onde arrivant chaque seconde sur une surface de un mètre carré à l'extérieur de l'atmosphère terrestre.

lagon (récif barrière, atoll, faro).
Dépression de profondeur et d'extension variables, soit située en arrière d'un récif barrière, soit limitée de toutes parts par des constructions récifales. Exemple: Lagon de Tikehau en Polynésie française.

matière organique dissoute
(MOD) Molécules dissoutes qui dérivent soit de la dégradation d'organismes morts soit de l' excrétion de molécules (exemple: exudation du phytoplancton).

matière organique particulaire
(MOP) Ensemble des particules organiques, mortes ou vivantes, en suspension dans les eaux.

macrofaune
Animaux benthiques de taille supérieure à un millimètre.

macrophyte
Algue pluricellulaires. Macroalgues benthiques est le terme utilisé pour décrire les organismes multicellulaires associés au sédiment.

masse d'eau
Une masse d'eau est un grand volume d'eau océanique d'une certaine extension horizontale et verticale, possédant des caractéristiques spécifiques de température et de salinité qui lui confèrent une densité bien déterminée.

meiofaune
Animaux de taille entre 0.1 mm et 1.0 mm vivant dans le sédiment.

meroplancton
Il est constitué d'organismes benthiques en phase larvaire et qui passent le début de leur vie dans le plancton.

microfaune
Animaux benthiques plus petits que 0.1millimètre; pour la plupart, ce sont des protozoaires.

microphytobenthos
Algues unicellulaires (exemple: diatomées pennées) et cyanobactéries associées aux substrats meubles et durs.

mutualisme
Interaction à bénéfice réciproque entre deux espèces.

necton
Un des trois groupes écologiques majeurs dans la classification des organismes marins, les deux autres étant le benthos et le plancton. Le necton est composé d'organismes pélagiques comme les poissons, quelques crustacés, les céphalopodes et les mammifères marins, capables de se déplacer contre les courants.

nitracline
Profondeur à laquelle la concentration en nitrates augmente rapidement.

nutriments
C'est l'ensemble des composés organiques ou inorganiques et des ions qui sont utilisés en premier lieu pour la nutrition des producteurs primaires (phytoplancton); exemple: les composés azotés et phosphorés.

oligotrophique
(Zone) Fait référence à des régions où la concentration en nutriments est faible ce qui engendre une productivité biologique peu importante.

osteichthyens
(Poissons osseux) Classe composée essentiellement du super-ordre des Téléostéens.

ouverture d'un lagon
Degré de communication hydrodynamique entre le lagon et l'océan environnant. Se calcule par le quotient : linéaire des (passes + hoas + couronnes immergées) / périmètre de l'atoll.

ovipare
Qui pond des oeufs, dont l'éclosion a lieu après leur sortie des voies génitales femelles, au terme d'une période de développement embryonnaire.Ce terme s'oppose à vivipare où la femelle donne naissance à des jeunes ou à des larves formées. Il n'y a pas de stade oeuf, ou bien celui-ci est conservé dans les voies génitales femelles jusqu'à son éclosion.

passe (avea en polynésien).
Entaille majeure affectant entièrement et assez profondément une barrière ou une couronne récifale et permettant la navigation. Elle assure préférentiellement la décharge des eaux du lagon.

photoinhibition
C'est l'inhibition de la photosynthèse causée par de trop fortes intensités lumineuses.

photorespiration
Respiration des plantes à la lumière.

plancton
Ensemble des organismes entraînés par les déplacements d'eau. Ils sont passifs par rapport aux mouvements des masses d'eaux, à l'exception de quelques déplacements verticaux (ajustés sur le rythme nycthéméral).

productivite
La productivité (turnover rate en anglais) est le rapport de la production de biomasse à la biomasse (temps-1). Elle est homogène d'un taux de croissance en conditions d'équilibre dynamique.

procaryote
Organisme unicellulaire (bactérie, cyanobactérie) sans noyau individualisé.

production de biomasse
La production de biomasse représente le flux de biomasse produite. Elle est généralement exprimée en carbone, par unité de temps et de volume ou de surface. On la détermine sans découpler production et prédation principalement par 3 méthodes : en suivant la synthèse d'ADN ou de protéines bactériens ou encore en estimant la fréquence des cellules en division. Ces 3 approches sont généralement calibrées au moyen de cultures d'assemblages bactériens naturels.

production primaire
C'est la quantité de matière organique synthétisée par les végétaux à partir de substances inorganiques; elle est exprimée en poids par unité de volume ou de surface et par unité de temps.

relations allometriques
Relations dépendantes de la taille. Dans ce cas précis, plus un organisme est petit, plus son taux de croissance maximum augmente

rendement de croissance bacterien
Le rendement de croissance bactérien est le rapport de la production de biomasse à l'activité hétérotrophe totale.

reproduction asexuée
La reproduction asexuée se fait sans la production de gamètes et donc de zygotes (exemple, par bourgeonnement).C' est un processus rapide qui permet la production d'un grand nombre de descendants. C'est le seul mode de reproduction des procaryotes (organismes sans noyau).

respiration
Processus métabolique présent chez tous les organismes où les substances organiques sont décomposées pour fournir de l'énergie; elle s' oppose à la photosynthèse et entraîne la production de dioxyde de carbone.

respiration aerobie
Métabolisme caractérisé par la consommation d'oxygène.

respiration anaérobie
C'est l'utilisation d' un composé inorganique oxydé autre que l'oxygène comme accepteur terminal d'électrons; ex: sulfates, nitrate, nitrite et carbonates.

rythme nycthéméral
Alternance du jour et de la nuit.

secchi
(Disque de) Le disque de Secchi constitue un moyen simple pour mesurer la transparence de l’eau. Il a généralement un diamètre de 30cm et il est peint en blanc. Le disque est descendu dans l’eau jusqu’à ce qu’il disparaisse et l’on note la profondeur de disparition. Cette technique a été développée par A. Secchi en 1866.

sloppy feeding
Libération de composés organiques lors de la rupture des cellules au cours du broutage.

taux de croissance
Le taux de croissance (µ, temps-1) est égal au rapport de la production de biomasse à la biomasse (productivité = P/B) en conditions d'équilibre dynamique. En dehors de ces conditions, si l'on suppose un modèle exponentiel de croissance, on peut écrire µ = ln(1+P/B)

temps de résidence
Le temps de résidence caractérise les échanges entre le lagon et les océans en tenant compte du volume lagonaire. Les estimations du temps de résidence peuvent se faire de différentes manières. On peut calculer le rapport du volume du lagon au volume des échanges nets annuels en surface. Cette méthode suppose d’avoir un nombre suffisant de mesures des échanges d’eaux par les chenaux de communications entre le lagon et l’océan.

thermocline
Profondeur à laquelle les changements de température sont maximums.

trophique
(niveau) Position occupée par un organisme dans une chaîne alimentaire : producteurs primaires (phytoplancton, plantes supérieures...), consommateurs primaires (herbivores: zooplancton), consommateurs secondaires (carnivores) etc.

turbidité
C'est le poids de matière particulaire par unité de volume d'eau.

upwelling
Remontée d'eau profonde riche en nutriments vers la surface.

xerophile
Les plantes xérophiles sont des espèces adaptées à la sécheresse.

zonation
Présence d'une ou plusieurs espèces dans des espaces caractéristiques et reconnaissables, délimités soit par un intervalle défini sur une profondeur (colonne d'eau) soit sur une hauteur ( zone de balancement des marées).

zoobenthos
Animaux benthiques.

zoochorie
Mode de transport des graines et des spores par les animaux

zooplancton
Animaux planctoniques. Le zooplancton, pour sa part, est composé d'organismes sans pigments photosynthétiques. Certains sont unicellulaires comme les Ciliés, les Foraminifères et les Radiolaires. D'autres, de taille microscopique sont faits de nombreuses cellules, tels les copépodes et les larves.D'autres encore, appartenant aux Cnidaires et aux Cténaires, atteignent des dimensions plus conséquentes. Tous se nourrissent aux dépens d'êtres vivants ou de leurs déchets. Ils sont herbivores, carnivores ou détritivores et vivent depuis la surface jusqu'aux plus grands fonds. Ils puisent sur leurs proies les matières organiques qui leur sont nécessaires et qu'ils sont incapables d'élaborer : pour ces raisons, ils sont qualifiés d'hétérotrophes (ref. Alain Couté, Museum)

zooxanthelles
Groupe de dinoflagellés qui vivent de façon endosymbiotique en association avec les polypes: on dit alors que les coraux sont hermatypiques; par opposition, sans les zooxanthelles, les coraux sont dits ahermatypiques.

détritus
Matière en suspension d'origine organique ou minérale.

g.p.s
(Global Positioning System) Dispositif électronique qui utilise les signaux de positionnement des satellites pour détecter précisément la latitude et la longitude.

hétérotrophe
Organisme qui obtient son énergie de la matière organique d'autres organismes.

pélagique
Fait référence à la colonne d'eau océanique et aux organismes marins qui y vivent.

téléostéens
Poissons à squelette osseux.