Une altération d'un milieu aquatique qualifie la modification de l'état d'un milieu aquatique ou d'un hydrosystème, allant dans le sens d'une dégradation. Les altérations se définissent par leur nature (physique, ionique, organique, toxique, bactériologique, etc.) et leur effet (eutrophisation, asphyxie, empoisonnement, modification des peup...